妖怪臺灣：三百年島嶼奇幻誌．妖鬼神遊卷

斷裂的海：金門、馬祖，從國共前線到台灣偶然的共同體

永遠的蘇珊：回憶蘇珊．桑塔格

看得見的臺灣史．空間篇：30幅地圖裡的真實與想像

錦衣衛：紅蟒、飛魚、繡春刀，帝王心機與走向失控的權力爪牙

臺灣的世界遺產潛力點

王權劇場：中世紀法蘭西的慶典、儀式與權力

絲路上的帝國：歐亞大陸的心臟地帶，引領世界文明發展的中亞史

內在他者：莊子．尼采

福爾摩沙時尚圖鑑

重探抗戰史（第一、二卷雙冊套書）

重探抗戰史（一）：從抗日大戰略的形成到武漢會戰1931－1938（全新修訂版）

重探抗戰史（二）：抗日戰爭與世界大戰合流1938．11－1945．08

孔子與論語（二版）

德行墮落與不平等的起源（二版）

自灰燼中綻放：一場名為八仙塵燃的震撼教育

漢唐史論集（二版）

孝道西遊：孝經翻譯與歐洲漢學的源起

1875．福爾摩沙之旅：俄國海軍保羅．伊比斯的臺灣調查筆記

當鐵鳥在天空飛翔：1956－1962青藏高原上的秘密戰爭（三版）

帝國記憶：東方霸權的崛起與落幕，一部橫跨千年的亞洲帝國史

青春之歌

胡適之先生年譜長篇初稿（第11冊，增補篇）

柏拉圖：克拉梯樓斯篇

當代三大民主理論

烏托邦

日本史話（中古篇）

公共意識與中國文化

論現代興奮劑